Poleg pravilnega jemanja je pomembno tudi to, da antibiotike shranjujemo v prostoru, v katerem je vpliv okolja čim manjši. Kuhinja in kopalnica sta najmanj primerna prostora za shranjevanje, najprimernejši pa je temen prostor z razmeroma stabilno sobno temperaturo.

Odpadna zdravila sodijo med nevarne odpadke, zato jih ne smemo zavreči med običajne odpadke ali jih celo odplakniti skozi straniščno školjko. Lekarniški farmacevti opozarjajo, da imajo zdravila zdravilni učinek samo v ustreznih odmerkih, v večjih količinah pa so lahko škodljiva – ne samo za pacienta, temveč tudi za okolje. Sledi zdravil in njihovih presnovkov so namreč zaznali v odpadnih vodah, ki so prešle skozi čistilne naprave.